Les Forces sous-marines sont un commandement organique (c’est-à-dire qu'elles assurent le maintien en condition et le soutien des sous-marins en vue de leur mise en œuvre). L'état-major de l'amiral commandant la Force Océanique Stratégique est basé à Brest : sa partie organique et autorité de direction générale, qui était placée à Houilles , occupe depuis juillet 2000 l'ancien bâtiment de la base opérationnelle de la force océanique stratégique (BOFOST) et sa partie opérationnelle est installée depuis septembre 2000 dans les souterrains de l'amirauté situés sous le château de Brest .
Les forces sous-marines sont composées dans les années 2010 ainsi :
Elle est armée en juin 2013 par environ 4 000 personnes militaires et civils dont environ 2 000 sous-mariniers et composée de 10 bâtiments (4 SNLE de classe Le Triomphant et 6 SNA de classe Rubis ).